Una vez superadas las primeras reticencias al proyecto de Colón, los Niño se convirtieron en férreos defensores del viaje, poniendo todo su empeño en llevar a cabo la empresa Colombina. Convencieron a la marinería moguereña y al resto de tripulantes que habitualmente navegaban con ellos, para que se alistaran en la aventura americana y aportaron a su costa la carabela La Niña.

Tres fueron los hermanos Niño que acompañaron a Cristóbal Colón en el primer viaje, Pedro Alonso, piloto mayor de la flotilla; Juan y Francisco, que comandaban el barco de su propiedad, y con ellos, decenas de moguereños, hasta una tercera parte de la tripulación de las naves.

El más importante de todos fue sin duda Pedro Alonso Niño, Piloto Mayor de la expedición que viaja siempre con Colón, la ida en la carabela Santa María y la vuelta en la Niña, la nave de su familia.

Pedro Alonso Niño traza el rumbo, establece la ruta de las naves y se convierte en el auténtico responsable técnico del Descubrimiento, y así debe ser recordado para la historia.

Su lealtad para con Colón y con su proyecto le llevan a jugar un papel fundamental cuando se produce un conato de motín en las naves al transcurrir los días de navegación sin hallar tierra. Con la marinería descontenta y enfrentada al almirante, solo la mediación de Pedro Alonso y sus hermanos hacen posible continuar la aventura que poco más tarde permitiría alcanzar las nuevas tierras.

El intrépido marino moguereño, convertido ya en uno de los navegantes más importantes de la historia, vuelve a ser el Piloto Mayor en la segunda expedición de Colón, y en los años posteriores viaja en repetidas ocasiones al Nuevo Mundo comandando otras aventuras exploradoras.

Su excepcional valía marinera lleva también a los Reyes Católicos a pedir a Pedro Alonso, probablemente el cartógrafo más experto de su época, que enseñe sus conocimientos náuticos al príncipe Juan, lo que confirma la alta estima que para los monarcas españoles tenía nuestro navegante, al que nombraron Piloto Mayor Real de las Indias.